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1，应用程序是一个逻辑边界，这个逻辑边界可以分隔网站及其组成部分。虚拟目录则是一个真实的指针，这个指针指向了一个本地或远程物理路径。虚拟目录总是存在于应用程序之中，一个应用程序可包括多个虚拟目录。
2，直观的区别比如应用程序可以设置应用程序池，而虚拟目录则没有。
3，如一网站有两个应用程序，因为这两个应用程序相互之间是分离的，因此也无法共享InProc会话状态、应用程序文件、文件夹。而虚拟目录可以共享InProc会话状态和缓存，因为这两个虚拟目录是同一个应用程序的组成部分。

参考：http://www.cnblogs.com/guilipan/archive/2010/10/05/1500311.html